Den bästa förklaringen som vi har för Zion-operatörernas vilja att döda människor som är anslutna till matrisen kommer från Morpheus, under Agent Training-programmet (betoning min):
The Matrix is a system, Neo. That system is our enemy. But when you're inside, you look around, what do you see? Businessmen, teachers, lawyers, carpenters. The very minds of the people we are trying to save. But until we do, these people are still a part of that system and that makes them our enemy. You have to understand, most of these people are not ready to be unplugged. And many of them are so inured, so hopelessly dependent on the system, that they will fight to protect it... [The Agent training program] is another training program designed to teach you one thing: if you are not one of us, you are one of them.
Det är ganska klart att Morpheus anser att blåpiller är deras fiende och att de blåa pillerna på ett visst sätt strider mot att skydda matrisen.
Tanken att misshandla blåpiller verkar inte som om det skulle fungera. Agenter är fria att ha något blått piller eftersom de är hårda trådbundna till systemet, och det spelar ingen roll vilken stat det blåa pillret är i.
Ett fall där en Zion-operativ kan ha haft förmåga att inkapacera ett blått piller (istället för att döda honom) inträffar i Animatrix-avsnittet En upptäcktshistorik . I det möter Trinity med en detektiv när en agent börjar ta över sin kropp. Eftersom det tar flera sekunder för agenten att fullt ut ha honom, kan Trinity ha haft tid att slå ut honom. Tydligen tyckte hon inte att det skulle göra någon skillnad eftersom hon sköt honom istället. Detta hindrar agenten från att ha detektivets kropp och tillåter Trinity tid att fly, men förmodligen resulterade i detektivets död strax efter.