Jag tror att det här kan vara Alien Secrets av Annette Curtis Klause.
Grundhistorien följer en ung tjej på ett rymdskepp, som heter Puck, reser för att träffa sina föräldrar. Hon är vän med en utomjording på skeppet, som gick på samma plan, men letade också efter en artefakt som stulits från honom, och de upptäcker smugglare, andra stulna artefakter, en annan främling förklädd som en människa och spöken.Det finns en farlig utlänningshall, och en är på skeppet med dem, förklädd som en människa, som matchar din beskrivning. Den mänskliga förklädnaden är specifik för den individen, men det finns inte någon omnämnande av andra av rasen som är förklädd så här ... men mellan hennes förklädnad och det faktum att hon är den enda av hennes art som är aktiv i romanen, kan det inte vara en kritisk missbildning.
Huvudpersonen hamnar i fartygets väggar, i huvudsak serviceområden mellan väggarna och ytterskrovet där det var tillgång till ledningar och fartygssystem för underhåll. Hon gick in på dessa områden medan man spionerar - men spionerar på artefaktsmugglare istället för att titta specifikt på utlänningen, som inte är känd vid denna tidpunkt - och det finns en fin detaljerad bit där hon reser längs dessa områden för att komma från en del av skeppet till en annan utan att ses. Hon är inte specifikt jagad i dessa väggar, men hon kommer in i dem för att undvika smugglarna och hon är skrynklig i dem (av fartygets katt).
Det är förstås inte en perfekt match, men resan i rymden intill skrovet beskrivs ganska livligt, och det finns en farlig utomjordisk förklädd som en människa, så det verkar tillräckligt nära att erbjuda.