Som Xantec påpekar i en kommentar till frågan är avsnitt 31 påstås en självständig filial av Starfleet, som härleder sin auktoritet från Starfleet Charter:
Sloan: We don't submit reports or ask for approval for specific operations, if that's what you mean. We're an autonomous department.
Bashir: Authorised by whom?
Sloan: Section thirty one was part of the original Starfleet charter.
Star Trek: Deep Space Nine Season 6 Episode 18: "Inquisition"
Jag säger "påstått" eftersom informationen kommer från Luther Sloan, en karaktär som i bästa fall inte är tillförlitlig. Sisko bekräftar senare i avsnittet att avsnitt 31 har något slags förhållande till Starfleet, men vi är inte säkra exakt vad det är:
Sisko: There's no record of a Deputy Director Sloan anywhere in Starfleet. And as for Section thirty one, that's a little more complicated. Starfleet Command doesn't acknowledge its existence, but they don't deny it either. They simply said they'd look into it and get back to me.
Bashir: When?
Sisko: They didn't say.
Star Trek: Deep Space Nine Season 6 Episode 18: "Inquisition"
Det här förhållandet bekräftas ytterligare i ett senare avsnitt:
Sisko: Officially, Starfleet Command has said that they are appalled at the very notion that an organisation like Section Thirty one might exist, and that they plan to get to the bottom of this entire business.
Bashir: And unofficially?
Sisko: They have quietly pushed the investigation aside, which means either they don't take Section Thirty one seriously or someone at Starfleet Command is protecting them.
Star Trek: Deep Space Nine Season 7 Episode 16: "Inter Arma Enim Silent Leges"
Tyvärr är avsnitt 31 inslaget i så många lager av lögner och bedrägerier att det är svårt att veta vem som säger sanningen, och när. Om allt vi kan bekräfta är Starfleet allierade med dem åtminstone ibland, som Admiral Ross gör i "Inter Arma Enim Silent Leges":
Bashir: And how long have you worked for Section Thirty One?
Ross: I don't.
Bashir: Oh. Just a temporary alliance, is it?
Ross: Something like that.
Star Trek: Deep Space Nine Season 7 Episode 16: "Inter Arma Enim Silent Leges"