Jag är ganska säker på att showen inte har förklarat detta, efter att ha sett varje avsnitt och varit lite av en fläkt, så det enda sättet att närma sig denna fråga är genom flödesschema.
Vi antar, som du sa, att Barry ändrar förflutet i hans universum, ingenting förändras i andra universum - bra. Det är rättvist, och det var vad Harrison Wells sa när han kom över och såg några förändringar. Tillbaka till framtidsreglerna. Du har en aktuell verklighet (för Earth One) och ett antal tidigare realiteter.
Säsong 2 händer. Earth 2 Harrison (Harry-2) kommer till Earth-1 för hjälp. De besegrar Zoom, Flashs pappa dör, Harry-2 går hem, Flash skapar Flashpunkt.
Det finns två möjligheter. Flash skapade Flashpoint innan Harry-2 kom till Earth-1. Allting förändras. Kanske kommer Harry-2 till jorden en och Flash slutar fortfarande Zoom. Kanske kommer Harry-2 till Earth-1 och Zoom wins (osannolikt för att Flash var glad i sin flashpoint-värld). Kanske kanske Harry-2 går till jorden-4 där Flashen tränades av Thawne och Earth-4-stoppet. Zoom, kanske går han till Earth-19 och Supergirl sparkar Zooms but. Det är allt arkiverat under möjlighet en.
Möjlighet två, (och jag tror att det här är den som ska gå med), Flash går tillbaka i tiden efter att Harry-2 återvände hem ändrar inte vad som hände i Harrys förflutna. I Harrys förflutna (och i Flashens förflutna) besegrade de Zoom. Deras historia är den verkliga historien. Det är alla i jorden som har en annan historia.
Skapar detta en konflikt? Nej. Allt det skapar är olika minnen. Harry-2 kommer ihåg pre-flashpoint eftersom det är vad han levde igenom. Ingen annan kommer ihåg pre-flash-punkten eftersom deras tidslinje ändras.
I det här scenariot, om Harry-2 hade återvänt under Flashpoint, hade han tittat runt, funnit Flash och sagt "WTF gjorde du" du kan inte röra med tiden så här ". Som det var, återvände han efter att Flash hade försökt att ångra Flashpoint och det var bara små förändringar och han kände igen de små förändringarna och hade ett liknande prat med blixten om "den första regeln av speedsters är - inte röra med tidslinjen".
Du tänker på det för att Flash skrev om det förflutna, Harry-2s tid på jorden skulle man skriva om, men inte nödvändigtvis, allting kunde fortfarande hända med Harry-2s erfarenhet, precis som det hände med Flashens erfarenhet. Med andra ord, allt du behöver göra för att behålla dina minnen när Flash återställer, reser till en annan Earth.