Medan jag inte har exakt samma situation har jag också två tyska pass och jag har reser i Asien de senaste åren med båda.
Använd alltid samma pass för att lämna ett land som du har använt för att skriva in det. Att använda det andra passet när man anländer till nästa land borde vara bra. Om de verkligen vill visa bevis på din vistelse i det föregående landet kan du visa dem ditt andra pass.
Några tips:
I vissa (många) länder är det olagligt för lokalbefolkningen att ha två pass i sitt land, så invandringsofficer kan vara förvirrade, men du kan berätta för dem som är helt lagligt i Tyskland.
Om du planerar att ansöka om visum från ett tredjeland i ett främmande land kan du behöva använda samma pass som du brukade ange landet, exempel gäller att du ansöker om en kinesisk visum i Hong Kong.
Håll i allmänhet ditt andra pass bort från invandringsbyrån. När jag kom in i Turkmenistan från Iran, lämnade jag in båda passen för att man hade min iranska utgående frimärke och den andra min turkmen visum. Gränsvakterna var helt förvirrade eftersom de inte insåg att båda passet tillhör samma person och klagade över det turkiska visumet i det första passet, jag förklarade bara för dem, de är båda mina och det var bra.
En av anledningarna till att du kan få två pass i Tyskland är att du kan få många viseringar på kort tid genom att skicka dem till ambassader parallellt, så du kan sluta med visum i ett pass och andra visum i den andra. Enligt min erfarenhet var det helt fint att "byta" pass mellan grindgrindar (eller på planet)