Detta bör inte orsaka problem. Myndigheterna borde vara väl medvetna om att resenärer anger och lämnar Schengen-zonen via olika flygplatser och fångar förbindelser, så det är inte alls ovanligt att en resenär från Indien till Ungern anländer och avgår någon annanstans och inte har några ungerska frimärken det verkar inte som om det finns några direkta flyg från Indien till Budapest).
Längden på din vistelse och tidpunkten för ditt nästa besök kan eventuellt vara ett problem dock. Det låter som om du spenderade maximalt 90 dagar i Schengenområdet och ser ut att ta en annan resa nästan så snart du är tillåten. Långa upprepade vistelser kan leda till mer granskning av din situation, särskilt om den här nya resan är en långsiktig också.