tl; dr: Han har sannolikt "räknat ut" när han pieced samman vad som hände för att vända kyrkan till tystnadskyrkan. Före det hade deras beteende varit avgjort icke-prästliknande, vilket gör det svårt för honom att göra anslutningen.
Först och främst notera att doktorn, även nu, fortfarande inte kan veta vad prästerna ser ut, eller komma ihåg vad han lärde sig om dem när de tittar på deras bilder. Så, hans information om deras genetiskt konstruerade syfte måste ha kommit från någon annanstans. Det mest troliga svaret är kyrkan registrerar sig, vilket han någonsin kunde få tillgång till från Tasha Lem. Vi ser inte mycket chans för honom att göra det på Trenazlore, men det är möjligt han gjorde lite grävning medan han var ombord på fartyget men utanför skärmen.
Men även om han visste om dem före Trenazlore, är det troligt att han inte skulle ha identifierat dem som samma varelser han kämpade på jorden. De som arbetade med Madame Kovarian verkade definitivt inte som confessorpräster. De pussade med jordens historia och försökte döda doktorn och hans vänner. Eftersom han faktiskt inte vet vad prästerna ser ut, när han såg en i jorden så skulle han inte känna igen den. Dess beteende låter inte någonting som vad du skulle förvänta dig av en präst, och vid den tidpunkten i sin tidslinje visste han inte vad "tystnadskyrkan" egentligen var. Således var det inte så mycket att ansluta de två varelserna tillsammans.På grund av hans handlingar i Doktorns tid , verkar det som om han inte gjorde slutförbindelsen tills han var på Trenazlore. Om inget annat, när han hörde Tasha Lem byta namn på kyrkan i "Tystnadens kyrka", skulle han ha räknat ut resten. Han skulle fortfarande inte känna igen en sådan präst om han såg det, men när Clara frågade om de konstiga varelserna, som gick omkring den palaiska huvudramen, som hon fortsätter att glömma så snart hon tittade bort, doktorn skulle känna igen dem som prästens tecken är i närheten.
Den stora felaktigheten i denna logik är naturligtvis att dessa varelser är det enda vi har sett hittills med minnesreducerande effekt på andra. Det verkar unikt nog för att utlösa några röda flaggor i doktorns sinne. Observera dock att doktorn säger att folk tenderar att glömma allt om dem efter att de inte har sett dem ett tag - Canton Delaware glömmer att de ens existerar efter en kort tid. Således, även om doktorn gjorde mentala förbindelser med dem på jorden, skulle han troligen glömma den anslutningen mycket snabbt. Det var först när han gjorde anslutningen genom någon annan aveny, som ovan, att den äntligen fastnade.