Det finns många regler för vad du kan och kan inte ta med på tåg, men enligt min erfarenhet är verkställighet mycket lax om du inte är en uppenbar olägenhet - det finns inga ledare med bandåtgärder inspekterar varje bagage som kommer in. Så medan körsträckan kan variera misstänker jag att du kommer att bli bra även om din yumi är 2,3m istället för 2,0m.
Här är en slumpmässig forumtråd (på japanska) som diskuterar att föra olika obehagliga objekt inklusive en 2m lång svärd (!) på japanska tåg och bussar, och ingen rapporterade några problem.