Det ser inte bra ut.
Jag skulle försöka fråga på oficina de extranjería (eller om ingen finns där du är, den lokala polisstationen) om de kan förlänga din vistelse med ett tillfälligt uppehållstillstånd, men normalt ska Schengen-kortvisningsvisum vara förlängas endast vid nödsituationer, så förmodligen kan de inte.
De kan ha en annan lösning, men jag skulle inte heller ge det en stor sannolikhet.
Du kan också försöka åka till ett annat land, närmare än ditt hemland, och ansöka om en spansk visum där. Det land du ska gå till beror på din nationalitet och om du redan har några andra viseringar. Detta är också osannolikt att lyckas, tyvärr, på grund av de regler som kräver att folk ska ansöka i deras bostadsort. Det är möjligt att undantag görs när resans uppstår efter att du har lämnat hem, och det verkar verkligen kvalificera sig, men i praktiken verkar det vara svårt att få konsulat att erkänna denna möjlighet. Det är nog ännu svårare att få de tredje partens processorer som alltmer används för att bekräfta det.
Din bästa satsning är förmodligen att prata med universitetet, förklara visumsituationen och se om de kan låta dig registrera dig medan du befinner dig utanför Spanien eller vid en annan tidpunkt.