Jag har undrat samma sak, men jag har aldrig sett ett in-univers svar på den här frågan.
Vissa reläer är parvis och pekar endast på varandra (som omega 4-reläet); så det skulle vara meningslöst om de alltid pekade på varandra.
Men det finns några som kan rikta flera reläer. Jag har aldrig sett en diskussion om reglerna för hur det fungerar. Stellär drift skulle flytta reläer (jämnt parade) runt, så jag är säker på att de har ett slags navigationssystem för att göra justeringar av något slag. Jag antar att det måste vara fysisk inriktning eftersom det är FTL (snabbare än lätt) resa, inte ett maskhål.
Jag är inte säker på hur Mako ändrar orienteringen från början till slut i ditt exempel. Jag antar att om den kom in medan den svagt roterades någonsin så lite, när den når den andra änden kan den komma ut med en annan orientering. Men jag tror att det är det enda exemplet vi har sett i Mass Effect där det händer. Kanske var det något speciellt med det här reläet eftersom det är inbyggt i Citadel?