Eftersom jag är som 99,9% säker på att detta inte togs upp i canon (och kanske 95-98% säker på att det inte togs upp i non-canon-romanen), här är en del teori:
När framtiden inte är säker, behandlas den som en hel del möjliga framtidsutsikter, sannolikheten för att var och en varierar från ögonblick till ögonblick som människor vidtar åtgärder och fattar beslut. (ENT 3x23, Nedräkning eller 3x24, Zero Hour , när Sphere Builders undersöker möjliga terminer. Jag glömmer vilken som helst den är.)
Förbundets tidsmässiga agenter från framtiden visas för att bara komma från en möjlig framtid. Det är svårt att ge en exakt referens, eftersom det är starkt underförstått inom Enterprise att de temporära agenterna arbetar för att hålla historien på gång för federationen sett i TOS / TNG / DS9 / VOY - eftersom det är en del av deras historia.
Därför, inom dessa fluktuerande framtidsåtgärder, måste det tidsmässiga toppdirektivet ha trätt i kraft i minst en av dem (eftersom det finns oändliga möjligheter). Sedan den framtiden kom till existens skulle de ha arbetat för att hålla historien på spår så att de fortsätter att existera.
Med tanke på ovanstående förefaller det som om Voyager tog de extra decennierna för att komma tillbaka till jorden, skulle det hända något under de mellanliggande århundradena som hindrade Temporal Prime Directive från att träda i kraft *. Så det finns en möjlighet: Det fanns inga temporära agenter i den tidslinjen för att hindra henne från att gå tillbaka, och i tidslinjen var Admiral Janeway en del av sin historia.
* Detta går utöver teorin och in i spekulation: Tänk på hur Admiral Janeways plan påverkade Borg. Jag misstänker att de satt en slags attack på federationen i Admirals tidslinje efter hennes tid, men innan de tidsmässiga agenterna kom till existens. Men i den främsta tidslinjen kunde Voyager få sju av nio, doktorns mobilemitter, specifikationer för quantum slipstream-enheten, och vad som helst som de plockade upp, till federationen årtionden tidigare, vilket sannolikt orsakade ett hopp i sin teknik och Admiralen orsakade massor av skador på kollektivet. Anfallet, om det ens hände, var sannolikt motverkat.