Nej, av tre anledningar:
För det första anger Rapier specifikt:
You can’t wield a rapier in two hands in order to apply 1½ times your Strength bonus to damage.
För det andra tillåter Wap Finesse dig att använda DEX mod istället för STR mod på attack rullar. Genom att använda ett handvapen i två händer kan du lägga till dina skador rullar. Två helt olika fall.
För det tredje kan du inte använda Wapens Finesse när du bär två handgjorda vapen eller hanterar ett enhandigt vapen i två händer. Det finns ett par specifika saker som ändrar detta (iirc, Elven Courtblade från Races of the Wild och cheesechain Spiked Chain), men det är begränsat till dessa saker.