Jag läste boken i slutet av 80-talet.
Jag tror att det stora "fartyget" var ett förprogrammerat fartyg som var på väg tillbaka till jorden med en samling intelligenta ödlor / dinosaurier som lasten. Om jag minns rätt, skapade skeppet sin egen centrifugal gravitation och beskrivs som ett teströr av livet från en tidigare tid på jorden eller som en alternativ utvecklingsväg till mänsklig utveckling på jorden. Sort av en "vad-om" det reptilianska livet hade fått lov att utvecklas istället för att bli utplånat.
Jag tror att det kan vara Toolmaker Koan av John McLoughlin, som enligt mitt minne (och det är antagligen 20 år sedan jag läste det) matchar din beskrivning.
Redigerad för att lägga till att jag hittade en recension här (bakom en spoiler tag) som tycks vara överens med mitt minne. Jag är ganska säker på att det här är boken du letar efter.
Läs andra frågor om taggar story-identification spaceship artificial-gravity Kärlek och kompatibilitet Skor Gear 12 Stjärntecken Grunderna