RAW-svar: Nej.
Per SRD, v5.1, sid. 16:
You can change your list of prepared spells when you finish a long rest. Preparing a new list of cleric spells requires time spent in prayer and meditation: at least 1 minute per spell level for each spell on your list.
Det säger ganska explicit att du ändrar din lista av beredda stavningar, och att du kan göra det när du är klar en lång vila. Så att fylla i en del av din lista och lämna andra slots tomma är utanför vad som tillåts av reglerna.
Vad exakt "när du är färdig med en lång vila" betyder, och om det finns något slags intervall som du kan släppa mellan resten av resten och förberedelser av stava är inte så tydligt definierad, så kanske en DM skulle tolka det som innebär att du kan förbereda dig senare vid slutet av den långa vilan, men även i det fallet skulle denna regel som skrivit betyda att du måste ändra dem alla i samma bön / meditationssession.