Du gör inte
Så mycket som jag skulle vilja rekommendera husregler för att ge en "realistisk krigsfäktning" med de inbyggda skyddsreglerna ... kan jag inte.
Problemet med D & D är i allmänhet att det främjar "heroiska" spel, där varelser rutinmässigt tar (om de inte är förstegångare) dussintals svärd träffar utan att vara för mycket värre ha på sig. Dina mål är: sci-fi, realistiskt, väldigt taktiskt och intressant omslag.
Låt mig adressera punkterna individuellt:
D & D kan säkert göra mer inställningar för rymd-opera / fantasy stil "sci-fi", men du måste arbeta för att anpassa reglerna. Jag personligen skattar min "Fading Suns" rulebook som ger en utmärkt behandling av en sci-fi-vers med 3,0 regler. ... Men jag spelar inte det. Det är nog värt att handla för ett system som är utformat runt den inställning du vill framkalla.
Standard 3.5 (inte tittar på modern här, för jag har ingen erfarenhet av det) kan inte göra krigsfält som är värda en utforskning. Standard pistoler, de som presenteras i D & D DMG (och gör en snabb google runt, hittade här ) ... gör inte realistiska skador. En .357 magnum, enligt wiki, gör 2d12 skada. Om du blir skadad för 2d12 skada, gör det verkligen ont, men det finns bättre saker att göra än att söka omslag.
Problemet med pistolreglerna i 3.5 är ... du kommer att göra så mycket arbete med att houseruling dem och hitta bra lappar som du lika bra kan hitta ett bättre bassystem. Upping deras dödlighet är bra, men då karaktärer ... inte känns som hjältar. För att det gör ont.
Omslaget i 3.5 hanteras med ett antal villkor, med mycket lite att skilja mellan saker som ger samma villkor. Detta är helt lämpligt för de saker som modelleras i 3.5, speciellt med tanke på att du i allmänhet inte vill att folk använder lock i ett hjältematch. Det är bara inte kul.
Det bästa täckningsbaserade spelet som jag känner till är ess & Åttor. Där du har en skottklocka, applicerar du omslaget, fysiskt, klockan och så ser du var du träffar. Det är också den mest realistiska. Det skulle dock göra lite ansträngning för att anpassa skottklockan till en online-inställning men.
Sammanfattningsvis är D & D konstruerad för heroisk melee-kamp. Taktisk täckningsbaserad fotografering är en sträcka som inte stöds särskilt bra. Även om det är möjligt att göra det, och jag stöder @ MadMAxJrs svar i det avseendet (särskilt om den enorma skadorna), kommer det att vara svårt och frustrerande att hålla reda på husreglerna.
Jag uppmuntrar dig att lägga upp en ny fråga (om du tror att mitt svar har meriter) med detaljer om din inställning, att söka system. (Jag har svårt att tänka på att någon ska rekommendera det som inte är generiskt från toppen av mitt huvud.) Utom det, utforska vad GURPS har att erbjuda, eftersom det här systemet kan tendera mycket mer till det realistiska än D & D.