Medan det kan vara svårt att komma fram till en universums förklaring till något som har en out-of-universförklaring av olika effekttekniker, och möjligen en mycket bättre budget, låt oss försöka.
TL; DR - Vi kan teoretisera att de mer regenerationer som en Time Lord har gått igenom, desto svårare har de under / omedelbart efter en regenerering.
Ser tillbaka till regenerationerna från originalserien ser vi inga signifikanta mentala trauma eller förvirring som är inblandade i de tidigaste regenerationerna. Medan den andra doktorn var annorlunda än den första, kom det mesta av förvirringen i hans regenerering från sina följeslagare, som helt enkelt inte helt var säker på att det var samma person. Det här elementet kom inte riktigt upp igen, från det jag har sett (han hade aktiva följeslagare under regenereringen från 3-> 4, 4-> 5, 5-> 6, 6-> 7, 9 -> 10 och 11-> 12, åtminstone).
Från och med den 4: e regenereringen, in i den femte doktorn, började vi se betydande mentala problem - ringa folk efter namnen på gamla kamrater och liknande. Medan regenereringen till den femte doktorn verkade det värsta (och mästaren kan ha haft något att göra med det), visade de 6: e och 7: e doktorerna först en viss förvirring och nöd (har inte sett den 8: e doktorfilmen tillräckligt nyligen för att återkalla - men han sa att han var en del mänsklig då, som i grunden har blivit disavowed nu tror jag).
Något som är unik för 4: e och 5-regenerationen var vakten - vem var uppenbarligen doktorn i ett tillstånd mellan hans 4: e och 5: e former, studsar tillbaka i tiden för att "titta" på det fjärde sista äventyret. Detta kan handvävas bort av något av anledningarna - hans besök på Logopolis och dess unika natur och möjligheten till Mästarens engagemang för att manipulera honom till att gå till Castrovalva som de två som hoppas upp.
Från och med krigsläkaren har vi också sett en viss fysisk trauma i form av regenereringsbrand som tydligen orsakar den fysiska förändringen. Jag har inte sett regenereringen i den 12: e doktorn än, men förklaringen att majoriteten av förändringen uppnåddes tidigare, och "nysen" justerat kosmetiken, verkar ungefär trovärdig för mig. (Jag tror att vi också fick veta att doktorn hade tagit full regenerering av sig för en tid och lämnade sin 11: e form för att haltas efter att den borde ha ersatts, vilket kan innebära några speciella odditeter här.)
(Tanken att förnyelsen från 9 till 10 inte använde elden som en standard regenereringsteknik, men som något som orsakas av Vortexenergin, verkar också helt trovärdigt ute i universum. gör tanken att, beroende på att laget involverade att glömma det faktum, eller helt enkelt på grund av "coolness" -faktorn, blev detta en del av standardregenerationen).
Detta leder till en logisk (men inte explicit uttryckt i canon) teori om att den äldre en Time Lord är (eller de mer återföreningar de har gått igenom), desto hårdare är en förnyelse på dem.
Jag bör notera att jag tror att det finns två regenereringar som hände utanför skärmen: regenereringen från den andra doktorn till den tredje och krigsläkaren till den nionde.