Ja, skadan från Hunter's Mark fördubblas också på en crit. Avsnittet om kritiska träffar säger att:
If the attack involves other damage dice, such as from the rogue’s Sneak Attack feature, you roll those dice twice as well.
* Hunters Mark säger att:
Until the spell ends, you deal an extra 1d6 damage to the target whenever you hit it with a weapon attack.
Detta är samma "extra skada" formulering som Sneak Attack:
Once per turn, you can deal an extra 1d6 damage to one creature you hit with an attack if you have advantage on the attack roll.
Så om Sneak Attack fördubblas på en krit, som reglerna uttryckligen säger att det är, kommer skadan från Hunters Mark också att fördubblas i en kritisk träff.