Ja, du kan lämna flygplatsen. Det är åtminstone sant vad gäller invandringslagar. om du kommer att få tid att göra det är en annan fråga.
Under alla omständigheter är ditt flyg från Grekland till Tyskland ett "internt" Schengenflyg, utan gränskontroller, så du kommer att rensa Schengenpasskontrollen när du kommer till Grekland. Detta skulle vara sant även om du inte hade för avsikt att lämna flygplatsen.