Det finns en episod, Resenärer (S5 E15), som förklarar var termen kom ifrån, och det kommer från Mulders tid. Det berodde på att "U" -lådan var för full, för "olösta" fall, men "X" -lådan var nästan tom.
Från och med dess sattes de mystiska fallen i X-filen.
Här är transkriptet av 1990-flashbackscenen där namnet förklarades av dess skapare:
BAHNSEN: I already checked. They're missing but I recognize one of these names. It's in an X-file.
DALES: An "X-file"?
BAHNSEN: Yes, unsolved cases. I file them under "x." (Goes to file cabinet..)
DALES: Why don't you file them under "u" for "unsolved"?
BAHNSEN: That's what I did until I ran out of room. Plenty of room in the "X"s.