Som sagt i ett annat svar finns det i princip två olika typer av indoktrinering som används av reapers. Det finns en långsam och subtil version och snabbare version. Det verkar som att för högvärdesagenter används den långsamma versionen, som faktiskt subtilt påverkar målet över månader eller till och med år istället för att helt enkelt försvara sin vilja. Detta låter dem i princip fritt att agera på egen hand medan de faktiskt påverkas för att tjäna Reapers syfte.
Saren Arterius och Jack Harper (aka Illusive Man) båda var sådana agenter. I båda fallen finns det bevis för att de långsamt indoktrinerades under några år.
I den illusiva mannen har indoktrinering kanske börjat när han först kom i kontakt med Reaper tech på Shanxi under första kontaktkriget (den här berättelsen berättas i tegneserien Masseffekt: Evolution ). Detta hände flera år före spelen.
Jag tror att det inte finns någonstans klart när reapers började påverka honom, så innehåller följande spekulationer . Men jag tror att det här är ett mycket troligt scenario, med tanke på vad vi vet om Reapers metoder.
Jack Harper kämpade som en del av motståndet mot turarna. Han och hans vänner lyckades fånga en Turian som visade sig vara General Desolas Arterius (Sarens äldrebror). Han letade efter en artefakt på Shanxi. Denna artefakt förvandlade alla som kom nära till en Reaper-augmented krigare som skyddar artefacten till varje pris.
Desolas ville använda detta för att skapa super soldater som heter Meta-Turians. När han kämpar nära artefakt kommer Jacks vän Ben i kontakt med den och dödas - bara för att återvända vände precis som turarna. Jack å andra sidan blev bara knackad medvetslös och fångad av turarna.
Artefacten lämnade dock sitt märke på honom. Så här har han blåttglödande ögon. Han kunde också känna artefakten och började drömma om människans överhängande död. Han visste att det var något hemskt att komma.
Det är oklart varför han bara var rörd men inte vänd av artefakten. Kanske kontakten var kort för att vända honom men nog att plantera ett frö . Hans visioner kan ha varit en del av hans indoktrinering . Det var de visionerna som trots allt ledde honom till att skapa Cerberus och att driva teknik i troen på att all teknik kan behärskas och användas - även Reaper tech (även om alla försöker göra det igen).
Någon gång efter händelserna med Mass Effect 2 och efter att ha experimenterat på Paul Grayson började han använda Reaper tech och sålunda förseglade sitt eget öde, och blev snabbt till en full Reaper-slav.
Men den hemska saken om den långsamma indoktrinering är att agenterna bara påverkas men inte direkt styrs av Reapers. De börjar göra fel saker av alla rätta skäl och till slutet tror de att de gör det för ett bra syfte. När de äntligen inser att de spelade in i Reapers händer, är det långt för sent för dem att bryta undan från deras kontroll.
Den illusiva mannen gjorde verkligen kampen mot skördarna och vad han gjorde var avsett att göra Cerberus (och mänskligheten) redo att motsätta sig dem (inklusive Shepards återupplivning). Men i slutet spelade han i sina händer när han blev besatt av tanken att han skulle kunna styra Reapers och detta ledde till att han motsatte sig Shepard när han borde ha hjälpt honom istället.Och det är möjligt att
Reapers lade tanken i huvudet för många år sedan.
Saren var densamma. Han höll på att tro att att hjälpa reapers var det enda sättet att rädda sin ras och andra från total förintelse. Han fortsatte också med att tro att han gjorde allt av sin egen fria vilja och att han inte var under Reaper-inflytande.