En snabb genomgång av Final Fantasy wiki gjorde detta upp ...
The Deepground facility underneath Midgar was built the same time the Shinra Headquarters, in 1976 as a medical lab for wounded SOLDIER members, and to house Mako Reactor 0 to power the facility and the Shinra Building above it.
och detta ...
The combined force of Meteor and Holy crushing down on Midgar sealed the soldiers [Deepground] beneath the Shinra Tower, trapping them until their escape three years later.
Därför var Deepground styrkorna och anläggningarna under Midgar, och det var där de var under händelserna i FFVII. Medan det inte finns något som säger vad individerna i Deepground gjorde medan Sephiroth hade sin rampage och Cloud & Co sparar världen, det är uppenbart att de var alla i Deepground-anläggningen, under Midgar, när Meteor / Holy skedde.