Enkelt, han hämtade upp den från marken efter att floden lämnade den där, förmodligen på sin instruktion.
Det finns en scen i "The Pandorica Opens", precis innan doktorn ger sitt stora tal till utlänningar som faller på Stonehenge, vilket visar floden på en häst som frågar doktorn (via kommunikatör) om han har en plan. Därefter visar doktorn på marken bredvid Pandorica, skannar den med sin soniska skruvmejsel. Höger bredvid hans huvud kan vortexmanipulatorn tydligt ses.
Detta följs upp i "The Big Bang", när doktorn visas, plockar manipulatorn upp efter att ha släppts ut av Auton-kopian av Rory, som han sedan använder för att hoppa fram från 102 AD till museet i 1990-talet.