Jag tror inte att det finns en officiell kanon i universum för detta, men efter att ha slutfört Lost Stars har jag 2 personliga teorier om varför (förutsatt att han fortfarande var på skeppet och inte hade överförts av)
Medan Thane Kyrell var officer, var han bara en Tie Pilot, så skulle inte nödvändigtvis vara involverad i någon av de dagliga operationerna på fartyget. Och han skulle verkligen inte ha varit på bron eller i någon form av kommandocenter. När det första "vapentestet" på Jedha genomfördes, blev Tie Fighters inte förvrängda, så han hade ingen möjlighet att verkligen bevittna händelsen första hand. På ett skepp som är lika stort som Death Star, kanske han inte ens vet om det eller bara hört talas om det som ett vapentest eller avskedat det som ryktet.
En andra alternativ förklaring, förutsatt att han lärde sig om förstörelsen av Jedhas första hand (eller tro på de historier han kanske har hört i officerens röra), det kanske bara hade varit en annan anledning för honom att fortsätta att hata riket, men Det tog förstörelsen av Alderaan och alla de oskyldiga liv som dödades som äntligen drev honom till defekt.