Ja, magiska objekt kan förstöras.
DMG har detta att säga om skadliga magiska saker:
Most magic items are objects of extraordinary craftsmanship. Thanks to a combination of careful crafting and magical reinforcement, a magic item is at least as durable as a nonmagical item of its kind. Most magic items, other than potions and scrolls, have resistance to all damage. Artifacts are practically indestructible, requiring extraordinary measures to destroy.
Så ett magiskt nät skulle i allmänhet ha motstånd mot all skada, men skulle ändå komma under normala regler för nät och skulle kunna förstöras genom att hantera 5 skarvskador (efter att motståndet hade beaktats).
Observera att det här är bara baslinjebestämmelserna - allt detta är upp till din DM för att bestämma, särskilt eftersom ett magiskt nät är troligen, men inte nödvändigtvis ett homebrew-objekt.