Ja, jag har personligen arbetat med flera flygplan som infekterats av djur.
Alla dessa flygplan var småplan, exempelvis Cessnas-motorn. Ett typiskt exempel skulle vara en eller två små musnöd i vingarna. Jag hittade också minst ett lövnöd i en flygplansvinge.
Det värsta jag någonsin såg var en Mooney som hade omfattande mus bon i hela flygplanet. Det flygplanet hade varit unairworthy i minst ett år när jag såg det.
Att Mooney slutade delas ut och skrotas, i stor utsträckning på grund av omfattande korrosion i vingarna som antingen orsakades av eller förvärras av musnestarna. Urea kan orsaka korrosion i aluminium, och att hitta en musnest eller annat bevis på gnagareaktivitet bör leda till närmare inspektion. Alla andra instanser av mus bonar som jag har hittat i flygplan var i flygplan som flög flera hundra timmar om året och de led inte några stora skador.
Jag har också hört berättelser från många piloter och mekaniker för att hitta fåglar bonar - till exempel i motorintag eller empennage- och gnagare som tuggar in i eller genom elektriska ledningar. Det finns också den klassiska varningen för att kontrollera pitotröret om en leravamp har täppt intaget med ett bo. Jag har aldrig sett några av dessa händelser själv.
Mudden dauber varp är ökänd och misstänks vara en bidragande faktor i åtminstone en dödlig flygolycka som jag känner till: Birgenair Flight 301 . 
Foto källa , med tillstånd från FAA
Många sätt att förebygga finns tillgängliga, inklusive typiska metoder för förebyggande av skadegörare, som fällor och gifter - i min erfarenhet är alla reserverade för användning i lagringshängaren. De mest luftfartsspecifika formerna är de olika skyddsglasögon som används för att skydda pitotrör , < a / a>
Foto källa , med tillstånd av FAA
När det gäller möjligheten för djur att överleva antar jag att oddsen är låga. Jag har aldrig stött på ett levande djur i ett flygplan (husdjur undantagna). För varje djur som stiger på ett trycksatt flygplan som arbetar vid hög höjd, borde jag tro att det låga syre partialtrycket och temperaturen både skulle motverka överlevnad utanför tryckkärlet.
Vissa flygningar, särskilt internationella, verkar tydligen sprida någon form av bekämpningsmedel i kabinen för att döda myggor och andra oönskade varelser.