Ursprungligen var Khan inte genetiskt konstruerad alls. I "Space Seed" var han en produkt av kontrollerad uppfödning:
SPOCK: No such vessel listed. Records of that period are fragmentary,
however. The mid-1990s was the era of your last so-called World War.
McCOY: The Eugenics Wars.
SPOCK: Of course. Your attempt to improve the race through selective
breeding.
McCOY: Now, wait a minute. Not our attempt, Mister Spock. A group of
ambitious scientists. I'm sure you know the type. Devoted to logic,
completely unemotional.
Jag är inte säker på om Star Trek II gjorde det klart om det fortfarande var fallet. Från och med DS9 verkar det som om det har varit retconned att ha varit genteknik, men jag tror inte att det finns en kanonkälla som indikerar om det var gjort före eller efter hans födelse.
EDIT: Som Praxis kommenterade, i Star Trek II , hade Khan varit genetiskt konstruerad. Inte första gången Star Trek släppte en kontinuitetskugga självklart.