Det verkar som att filmen berättar följande historia:
Ursprungligen fanns det bara ett univers - det primära universum där hela mänskligheten levde.
Vid en viss tidpunkt hade en "Incident" hänt "när tyget i den fjärde dimensionen blev skadad och ett Tangent Universe skapades. Det finns ingen indikation i filmen när denna händelse hade hänt. Det kan ha hänt tidigt början på filmen, eller någon gång före händelserna som filmen börjar med.
Som boken läser är Tangent Universe mycket instabilt och det kan bibehålla livet för inte längre än flera veckor. Uppenbarligen blev all mänsklighet från Primär Universum okänt fast i Tangent Universum. Efter det att Tangent Universum löper ut, kommer det att kollapsa på sig själv och bilda ett svart hål i Primär Universum och därigenom förstöra hela mänskligheten.
Enligt boken, efter att ett tangentunivers har inträffat, kan en artefakt visas. I filmen var Artifact en jetmotor som kom från Primär Universum till Tangent Universe genom en portal (gateway) vid Tangent Vortex.
Donnie Darko, nu i Tangent Universe, är vald för att vara den levande mottagaren med en uppgift att "vägleda artefakten till plats för sin resa tillbaka till Primär Universum". Donnie måste utföra denna uppgift innan Tangent Universum löper ut. Om han inte gör det kommer all mänsklighet att förstöras när Tangent Universum kollapsar. Som levande mottagare är Donnie välsignad med fjärde dimensionella krafter, och viktigast är möjligheten att skapa Time Portals (maskhål) - gateways mellan universum, som fungerar som en tidsmaskin.
Donnie är inte medveten om sin uppgift och hans förmågor och han upptäcker dem när filmen fortskrider.
Människor som bor runt Donnie arbetar som Manipulated Living, som omedvetet hjälper Donnie på olika sätt i sin uppgift att återföra artefakten till Primär Universum.
Dessutom har Donnie visioner av Frank som också ger lite vägledning. I filmen är Frank en pojkvän av Donnies syster Elizabeth, som gjorde sig en kanindräkt till Halloween. Vad Donnie ser i hans visioner är inte handlingar från den egentliga Frank som kom tillbaka genom någon form av tidsresa, utan snarare hallucinationer som uppstår på grund av Donnies framsynsförmåga som levande mottagare. Som boken läser, är levande mottagaren ofta plågad av skrämmande drömmar, visioner och hörsel hallucinationer under hans tid med Tangent Universum.
Donnies flickvän Gretchen och den faktiska Frank arbetar omedvetet som Manipulated Dead. Deras uppgift är att skapa ett försäkringsfälla som lämnar Donnie inget annat val än att återföra artefakten och därigenom för att rädda hela mänskligheten.
Efter att Gretchen dödats i Tangent Universe, inser Donnie att det bara finns ett sätt att rädda henne. Vid denna tid har han insett sin uppgift och hans förmågor. Donnie skapar en Time Portal (maskhål) mellan universum genom vilka jetmotorn återvänder till Primär Universum och all mänsklighet överförs tillbaka från Tangent Universum till Primär Universum strax innan Tangent Universum har kollapsat.
Strax innan Donnie reser från Tangent Universe säger han: "Gå hem" och skrattar. Sedan säger han i sitt brev till Roberta Sparrow: "Jag hoppas att när världen kommer till ett slut, kan jag andas lättnadslug, för det kommer att finnas så mycket att se fram emot". Då ser vi Donnie skratta i sängen i sitt hem. Så var han glad att han hade fullgjort sin uppgift och räddade mänskligheten. Då väntar han sig lugnt på sin sida. Detta föreslår att Donnie inte förväntade sig att jetmotorn skulle krascha på honom i Primär Universum, han förväntade sig att leva vidare, och därmed var hans handling inte ett självofferval.
När det gäller alla andra människor, som boken lyder: "När de manipulerade vaknar från sin resa till Tangent Universum, är de ofta hemsökta av erfarenheten i sina drömmar. De flesta kommer inte ihåg. De som minns Resan övervinnas ofta med djup ånger för de ångerfulla handlingarna ... "
Det finns många logiska problem med denna historia. Gretchen och Frank dödas i Tangent Universum, sedan överförs de tillbaka i tiden till Primär Universum tillsammans med alla andra människor. Hur blir de igen i Primär Universum? Tekniskt återvände Donnie inte artefakten till Primär Universum, utan istället har det skickat en jetmotor från ett annat plan. Det fanns inget uppenbart behov av att döda Frank. Blir Primär Universum tom när Tangent Universum skapas, överförs allt från ett univers till en annan, eller bara personer överförs och varför? Etcetera ...
Enligt min åsikt - en mycket illogisk historia och en överskattad film.