Det finns några saker som förmodligen händer här.
För det första ser tekniken som används för att kappa planet inte ut som det som används på Quinjets. De kallade det "retroreflective shielding" men det är verkligen fel term. (Den termen beskriver hög synlighet saker, som vägskyltar, som speglar mycket ljus). Det som verkligen verkade var ett slags aktivt ljusbrytande system som tar inkommande ljus från ena sidan av planet och kanaliserar den ut exakt motsatt punkt, vilket gör att planet "ser ut" är bakgrunden. Jag tänker inte det här är samma saker vi såg tidigare.
Även om det är samma teknik, säger inte Black Widow att de inte kan spåra planen - det är inte helt osynligt eller deras "tech boys" skulle inte ha sett något på alla.
Vad som används i Homecoming , skulle det förmodligen dölja planet från radar (vilket bara är en viss frekvens av ljus) och göra den osynlig från ett avstånd. Men om du var tillräckligt nära skulle du kunna se spår av det: det fanns delar som inte var täckta (motorerna, fönstren), det skulle vara snedvridning av luften bakom motorerna, det skulle vara snedvridning runt kanterna och förmodligen parallaxeffekterna om du var nära nog, etc. Och det räknar inte ens med det buller som det skulle göra.
Tänk också på att Toomes hade planerat det här jobbet i minst en vecka eller så (baserat på hur lång tid Peter var "att bete sig" i skolan), och hans ivrige handledare förmodligen mycket längre. Han skulle ha vetat var planet tog sig ifrån och var det gick, och förmodligen den rutt det tog för att komma dit. Det skulle ha varit tillräckligt med information för att få honom väldigt nära planet. På den tiden skulle de "närbild" effekter som jag nämnde tidigare ha låt honom avsluta jobbet.