Problemet med att täcka glasdynaminer upp med isolering är att det kommer att skapa kondens på glasets inre.
Eftersom det låter som en sådan "katastrof" (som du kallar det), misstänker jag att dina takfönster är singelpanelglas.
Om ditt takfönster är ett plattfönster som ser takfönster (och inte bubblan på taktypen), föreslår jag att du konverterar till dubbelruta eller till och med trippelglas. Det finns ett omvandlingspaket som passar in i slitsen där det enkla rutan glaset är nu, men omkretsen tillåter fortfarande mycket värmeöverföring genom ramen, glasstoppar etc.
De gör också solglasrutor som tillåter solljuset i men håller värmen från att fly.
Om ditt takfönster är bubbeltypen som sitter ovanpå taket, kan du byta ut det med en som har dubbelglas och en isolerad kant.
Jag skulle kontakta ett lokalt fönsterbolag för att se om dina takfönster kan konverteras.