Vi vet inte exakt hur den första matrisen, Paradise Matrix , startades. Historien om de tidiga versionerna av matrisen är inte känd tillräckligt bra.
Vi vet att maskinerna experimenterade med människor nära slutet av Maskinkrig . Dessa experiment hjälpte dem att lära sig att manipulera mänskliga hjärnor. I Den andra renässansen ses maskinerna manipulera människors känslor:
Detärmycketmöjligtattdelärdesigattmanipuleramänniskorsminnensomettresultatavdessaexperiment,vilketgördetmöjligtfördemattplanterafalskaminnenideförstamänniskornassinneniMatrisen.Maskinernaharvisserligenförmåganattmanipuleramänniskorsminnensåsmåningomeftersomdevisardennaförmågaundersenarehändelser.Exempelvishar bluepills som ägs av agenter inte ha något minne om deras besittning efter att ombud lämnar sina kroppar och agent Smith lovade att Sätt in Cypher i matrisen med sina minnen utanför matrisen raderad. Maskinerna kan också ladda om matrisen efter varje cykel av den; Detta kräver en massiv förändring i matrisens "verklighet" och således måste minnena av varje människa inne i matrisen ändras av maskinerna för att återspegla denna nya "verklighet".
Det är också möjligt att maskinerna befolkade den första matrisen med barn och använda program för att stå som vuxna, eftersom maskinerna säkert kan skapa program som gör övertygande människor (framför allt Oracle, men också agenterna, Sati, etc.). Detta stöds särskilt av en scen i Den andra renässansen där ett barn som leker i snön kallas av sina föräldrar att komma in, men barnet uppfattar senare sina "föräldrar" som agenter. (Även om denna möjlighet fortfarande är ifrågasatt vad maskinerna gjorde med alla mänskliga vuxna om de inte var i matrisen också.)
Det är även möjligt att de första människorna i matrisen var helt medvetna om sin tidigare existens utanför matrisen; Den första matrisen var utformad för att vara ett paradis, och maskinerna kan ha åberopat denna paradismatris lycka och glädje att övertyga människor att föredra matrisen över den verkliga världen. Detta kan vara varför paradismatrisen var en sådan "katastrof" där "hela grödorna förlorades", även om denna katastrof också kan förklaras som en enkel avvisning av Matris falska "verklighet".
Totalt sett, med tanke på maskinernas experiment på människor före maskinkrigets slut och det faktum att de senare visat sig kunna manipulera mänskliga minnen, är det troligt att de första människorna i matrisen fick falska minnen. Maskinerna kan också ha planterat ett antal program som utgör människor för att fylla den första matrisen också.