Det korta svaret: Vi vet inte. Det har aldrig förklarats i MCU exakt hur pympartiklarna påverkar objektets massa under deras inflytande. Utanför universum, det beror på att fysiken helt enkelt inte fungerar.
Det mest logiska antagandet: In-universet, det finns en sak som vi kan luta oss på för att hjälpa till att upprätthålla vår upplösning av misstro: trovärdig förenkling.
Pyms uttalanden är helt enkelt inte en övergripande överblick över tekniken, de är en off-handed kommentar från en expert till en lekman. "Det krymper avståndet mellan atomer" kan vara bokstavligen sanningen, men det är nog mer som att säga att min dator "drivs av blixtnedslag." De flesta vetenskapliga och mekaniska principer förklaras med hjälp av fraser som inte är bokstavligen sanna: bilar brinner inte egentligen "bränna bensin" (de upprätthåller en självhäftande serie av miniatyrexplosioner), rymden rymmer inte själva luften en luftlucka (luften expanderar snabbt i den tomma volymen av tomt utrymme) och atomvapen splittrar faktiskt inte atomer i hälften (de använder fria neutroner för att bryta upp partiklarna i atomkärnor).
Det är möjligt (uppriktigt sagt tror jag det är allt men säkert) att pympartiklarna har en mycket mer komplicerad effekt än att bara dra atomer närmare varandra. De påverkar förmodligen vibrationer av supersträngar för att förändra själva strukturen i materien eller något. Vi bevittnar inte en enkel minskning av storleken, vi bevittnar en ny filial av fysik.
Oavsett eventuella obesvarade kommentarer från Hank Pym till en främling kan vi logiskt anta att Pympartiklar verkar på väldigt komplexa och helt oväntade sätt. Uppenbarligen är reduktionen i massa med kvarhållande av styrka bara en av de oväntade fenomenen associerade med Pyms upptäckt, en bieffekt av vilken fysisk process Pympartiklarna initierar.