Per @ PhilPursgloves kommentar, det här är nästan säkert Empyrion Saga av Stephen R. Lawhead.
Denna recension på Goodreads (i den andra boken "Siege of Dome ") nämner ett stort antal av dina punkter,
- Domed Cities - kolla
- Patriarkat - kolla
- Helto torterad i en sensorisk deprivationskammare - kolla
- Escapes och förenar motstånd - kolla
- Rese över en öken - kolla
- Ange i en kupol stad - kolla
- Trilogi - Det var faktiskt en duologi men det är nära nog