Det är klart från Memory Alpha som de är medvetna om att Voyager reser genom potentiellt fientligt territorium ..
When Janeway arrives on the bridge, Neelix warns Janeway that he has heard reports of numerous ships disappearing without explanation in Bothan space. He also warns her that the Bothans fiercely protect their territory from outsiders.
Det är rimligt att anta att de reser med en ökad beredskapsläge (med skärmar upp) även om detta ännu inte har stigit till nivån på en "officiell" gulvarning.
Likaså
A Bothan representative appears on the viewscreen and questions Chakotay about Voyager's weapon capabilities. Tuvok terminates the transmission while making the termination look accidental. He has encountered suspicious energy readings that may indicate cloaked ships.
Tuvok kan ha tagit det på sig (som säkerhetsansvarig) för att höja sköldarna som en del av hans förberedelser utan att igen ringa en skeppsrig gulvarning.
Kom ihåg, allt detta händer väldigt snabbt!