Neo dödade två fåglar med en sten genom att gå till Maskinstaden. Först behövde han parley med Deus Ex Machina för fred. För det andra visste han att han, genom att vara direkt kopplad till huvudramen, kunde se till att Smith skulle förstöras oavsett vad som helst. Som det hände, visade sig Smith vara oslagbar, så Neo gjorde det möjligt för Smith att absorbera honom, som direkt kopplade Smith till huvudramen, så att Deus Ex Machina kunde radera Smith-viruset.
Om Neo helt enkelt hade blivit slagen till en massa och dödades, skulle Deus Ex Machina ha beställt vaktarna att avsluta Zion. Men eftersom Neo säkerställde att Smith fick tillgång till av Deus Ex Machina, var deras överenskommelse uppfyllt.