I din fråga finns några fel så jag vill korrigera dem först.
Först Star Trek: Den ursprungliga serien som innehöll Kirk och Spock, skickades på ett fem års uppdrag, inte ett tre år uppdrag.
In 2265, the Enterprise was assigned to a five-year mission of
deep-space exploration, and command passed to James T. Kirk. The
ship's primary goal during this mission was to seek out and contact
alien life. Captain Kirk's standing orders also included the
investigation of all quasars and quasar-like phenomena.
( Källa )
För det andra var detta inte det första femåriga uppdraget för Företag , än mindre Federationen. Innan Kirk hade Enterprise också kommit till kapten Robert April och Kapten Christopher Pike.
För det tredje hade Enterprise inte det som ansågs vara "ny" varpteknologi; Warp Drive uppfanns tillbaka i det 21: a århundradet med det första warpflyget på 5 april 2063 .
Nu till din faktiska fråga om Kirk att veta om Archer. Det verkar i den ursprungliga tidslinjen (dvs. Originalserien ) det finns ingen referens på Memory Beta eller Alpha sidor om Kirk och Archer som står i kontakt med varandra. Kirk är medveten om Archer, men det är inte bekräftat.
Om Företag är inställt efter TOS
Men i alternativ verklighet (2009 omstart) vet vi att han gör . Tänk på följande citat från Memory Alpha :
He [Kirk] quickly learned that Scott was wiser than he lead on, after first
impressions belied the fact that he had begun to postulate the theory
of transwarp beaming while still on active duty (misplacing Admiral
Archer's beagle Porthos in the process, earning his isolation to Delta
Vega).
Vad gäller den främsta verkligheten (den från TOS ) överväga följande citat om Archer:
Considered by historian John Gill, as the "greatest explorer of the
22nd century," Archer is widely credited with saving Earth from the
Xindi and paving the way for the founding of the United Federation of
Planets. He went on to become one of the Federation's earliest
presidents. (ENT: "In a Mirror, Darkly, Part II")
Om inte Kirk är fullständigt okunnig för federationen, än mindre Jorden, historia, skulle han känna till Archer.