Svaret är av magi. Min förståelse är att alla som har befogenhet att belöna eller dra av poäng (lärare, prefekter, Head Boy och Head Girl) när de förklarar poängjusteringen, tabulerar systemet automatiskt det.
Från den tvivelaktiga Harry Potter Wiki :
Exactly how points are tabulated and recorded is not explained in detail. It is implied in several books that simply stating the addition or subtraction of points magically adjusts the score accordingly. It's not certain if this occurs in all cases, such as when Dumbledore adjusts the scores at the end of Harry Potter and the Philosopher's Stone. The four giant hourglasses, however, seemingly adjusts their contents accordingly to the house points granted or retracted by the teachers' wordings.
Jag är ganska säker på att det finns en punkt i boken när en professor dockade poäng och eleverna såg att det omedelbart återspeglades i timglaset för det huset, men jag har inte referensen.