Kusatoms och invandring i EU / Schengen är separata.
Invandringen hanteras vid din ankomstpunkt till Schengenområdet. I ditt fall är det Munich. Tullen å andra sidan hanteras normalt på din slutliga flygplats, så du behöver inte samla in och ompröva ditt bagage.
Om flygbolaget är berett att sälja dig flygningarna på en biljett som innebär att flygbolaget tror att du sannolikt kommer att ansluta. Om du köper flygningarna på en biljett och är försenad på ditt inkommande flyg eller hålls kvar i invandringen, så är det flygbolagens jobb att sortera ut en ersättningsanslutning.
OTOH om du köper flygningarna på separata biljetter och du blir försenad måste du gaffla ut för ett nytt flyg.