Prado-familjen och The Skinner står i centrum för Dexter säsong 3. Dessutom blir Dexter en familjeman.
Dexters personliga liv
Rita upptäcker att hon är gravid och de bestämmer sig för att gifta sig. När Rita utvecklas med bröllopsplaner är Dexter borta mycket med sin nya vän, Manuel Prado. Manuel ser Dexter för vem han egentligen är och han är inte avstängd. Dexter börjar svika sin vakt med Manuel och de blir sanna vänner.
Just nu när han nästan dör i händerna på George King, inser Dexter att han verkligen vill se sin son komma till världen och han vill se honom växa upp.
Dexter ber Debra vara hans bästa man och han och Rita gifter sig.
Harrys kod
Dexter upptäcker att ett sexuellt rovdjur tittar på Astor. Enligt Harrys kod kan Dexter inte döda rovdjuret eftersom han inte är en mördare. Dexter drar slutsatsen att koden måste utvecklas och bli hans egen. Han dödar rovdjuret.
Prado-familjen
Dexter hittar sin nästa död, en mordisk droghandlare som går under namnet Freebo. Dexter hamnar av misstag i en strid mellan Freebo och en man som han senare lär sig är Oscar Prado. Freebo flyr och Dexter dödar Oscar i självförsvar. Oscars bror, biträdande distriktsadvokat Miguel Prado, arbetar med ärendet. Miguel har en historia med LaGuerta och de är fortfarande nära.
Dexter hittar Freebo och dödar honom, men Miguel fångar honom nästan. Utanför berättar Dexter för Miguel att han var tvungen att döda Freebo i självförsvar. Miguel hjälper honom att dölja brottet och de två börjar umgås tillsammans. Rita tycker om att umgås med Miguels fru Syl.
Miguel sätter två och två ihop när en brottsling som han klagade på dyker upp. Han vill arbeta med Dexter för att göra staden till en säkrare plats. Dexter vill avskräcka honom och kommer med en plan att låta Miguel släppa en brottsling så att Dexter kan döda honom. Han är chockad när Miguel går igenom planen.
Miguel vill att de ska döda en tuff försvarsadvokat, Ellen Wolf, som kommer på Miguels sätt professionellt. Dexter säger att hon inte passar koden, och när hon visar sig saknas misstänker Dexter Miguel och bekräftar hans misstankar genom att följa ledtrådarna som Miguel lämnat.
Dexter försöker få hävstång på Miguel, men kommer slutligen till slutsatsen att han måste döda honom. Miguel anställer sin arga bror, Ramon, som kroppsvakt. Dexters plan är att göra det natten till bröllopet eftersom Miguel skulle vara hans bästa man. Dexter märker att LaGuerta är på väg till Miguel och att hon är i fara, så Dexter dödar honom tidigare.
Yuki amado
Yuki, en inrikesagent, kontaktar Debra för att hon vill ha information om Debras nya partner, Joey Quinn. Debra vägrar många, många förfrågningar från Yuki och säger så småningom till Quinn att han utreds. Quinn säger att det är personligt, men berättar senare för Debra att Yuki var hans partner och att hon aldrig förlät honom för att veta om en kollegas drogberoende och försöka hjälpa honom personligen snarare än att gå till sina överordnade. Mannen dog av en överdos.
Skinnaren
När Dexter först känner igen ett offer som Teegan, Freebos flickvän, antar han att Freebo dödade henne. Men när morden fortsätter efter att Dexter dödar Freebo, vet han att det är någon annan, trots att polisavdelningen letade efter Freebo. Mördaren heter The Skinner eftersom han tar bort sitt offers hud innan han dödar dem. Avdelningen ansluter så småningom George King till morden och Dexter räknar ut att han flår människor som tortyr eftersom han vill att de ska berätta för honom hur man hittar Freebo, som är skyldig honom pengar.
Skinner kidnappar Dexter och binder honom till ett bord. Dexter blir fri och dödar The Skinner precis när polisen anländer. Dexter kastar honom på en polisbil för att få den att se ut som ett självmord och smyger sig sedan ut genom ett fönster.
Debras kille
Medan han letade efter The Skinner säger Quinn till Debra att prata med sin konfidentiella informant, Anton Briggs. Debra pratar med honom flera gånger och de bildar ett romantiskt förhållande. Debra känner sig skyldig i att ha ett förhållande med en CI och berättar för Dexter att deras far inte skulle godkänna. Dexter berättar för Debra att deras far hade en affär med en CI.
Sergeant Batista rekommenderar Debra för en detektivsköld och LaGuerta frågar henne om hon hellre vill ha skölden eller Anton, och hon väljer Anton. LaGuerta säger att hennes personliga liv alltid ska komma först och ger henne skölden.
Anton tas av The Skinner och Debra arbetar övertid tills hon hittar Anton.
Dexters anslutning
Dexter, som påstår sig inte ha några känslor, letar alltid efter en anslutning. Han trodde att han hade hittat den anslutningen i Miguel Prado och började dela sina djupaste hemligheter, bara för att ta reda på att Miguel manipulerade honom. Dexters sökning efter anslutning fortsätter.